《孤岛危机2》是一款以科幻为题材的第一人称射击游戏，此游戏由德国游戏开发商Crytek制作开发，并由美国艺电发行，是孤岛危机三部曲的第二部。
《孤岛危机》重制版三部曲于2021年发售，在Xbox、Nintendo Switch和PC上发售。《孤岛危机2重制版》可单独购买。
故事发生在距一代3年后的2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。
背景设定
大约6500万年前，一群神秘的外星生物Ceph透过先进技术来到了地球，它们有着像如今地球头足类一般的身体。这些外星生物成为了第一个统治地球的智慧种族，但不知何种原因，可能由于当时的地球环境不适合它们生存，于是在大约200万年前，Ceph集体进入了休眠状态。
之后，地球本土的灵长类动物进化成了人类，成为第二个统治地球的智慧种族。一直到20世纪初的时候，有个叫桀可布·哈格瑞夫的人在通古斯大爆炸现场勘探时发现了这个秘密，并且发现当初Ceph留下的那个基地其实就在美国纽约地下。 于是他成立了CRYNET公司，开始研究Ceph科技，50年后，因为寿命原因，他利用Ceph科技将自己的身体冰冻，将意识和电脑联接以继续研究与控制公司的运作。终于在100年后研制出了结合Ceph科技和人类科技的“生化装”。
生化装具有半生物半机械的特性。可以大幅度增加装备者的各项能力。且理论上其生物科技可以使生化装真正的融入人体，修复身体组织，使其不再是一件衣服，而是变成“皮肤，内脏，骨骼”成为人体的一部分。某种意义上来说，就是使人类进化。 他认为只有人类获得这样的进化，才能在将来在Ceph有可能回归的情况下赢得生存空间， 并且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰败的身体 可以通过穿上生化装后得到进化和修复，得以再次活过来。可惜因为Ceph基地是被封闭的， 人类科技无法打开， 他得到的技术和样本非常的少，不足以使生化装达到完美。只有最基本的功能， 高端功能虽然预留了接口，但是缺少 “硬件”而无法使用。
终于在2023年的时候，太平洋上的灵山岛上突然出现了Ceph的通讯信号，一直没有被发现的Ceph通讯站被激活了，哈格瑞夫第一时间就发现了这个情况。 于是他认为机会和危机同时都到了，机会是，终于可以获得完整的资料来完善生化装了。 但是同时 通讯站的恢复，也说明Ceph快要回归了。于是他把生化装支援了美国军方，并让自己的特工“先知”混入了军方探查灵山岛的任务，其目的是为了进入基地取得样本和资料。
“先知”在灵山岛进入了Ceph的通讯站后虽然取得了部分样本，但是却感染了Ceph时代的病毒孢子，其实这种孢子并不是Ceph的生物武器，就像哥伦布发现新大陆后，首先给本地土著带去的不是贸易，也不是战争，而是剧烈的疾病一样。人类的生态从没有接触过这种外来的病毒，所以完全没有抵抗力，也没有产生抗体的的时间。
“先知”通过Ceph通讯站和基地之间的链接通道，直接从海底回到了纽约。回归后的“先知”去质问哈格瑞夫关于其隐瞒了的病毒的情况， 而哈格瑞夫却以“牺牲是必要的”论点来回应。“先知”怒而出走。并找到了另一个科学家“古德” 继续对生化装中的Ceph技术，和病毒进行研究，以期找到对抗病毒和Ceph的方法。不久，纽约地下的基地也开始复苏，全球气候受到能量的异常而变得恶劣。3年后Ceph破土而出，同时带出了病毒大规模感染了纽约的人类。也许Ceph认为人类是在霸占了自己的花园。于是战争爆发。
“先知”因为感染达到极限，将生化装交给了主角，同时为了断开和纳米服的意识链接而自杀。而2代一开始，哈格瑞夫为了复活自己，需要得到“先知”身上那套进入过Ceph基地被完善过的生化装，而不停的追杀主角，然后又欺骗主角自投罗网。在最后全部失败后，大彻大悟。将最后一部分完善生化装的基因交给了主角，注射基因后，主角成为 反Ceph用人形毒气弹。进入Ceph的设施改变了孢子病毒的基因，使其对人类无害，反而成为Ceph的剧毒，并且释放出来。但危机并没有真正完结………
角色设定
玩家角色
阿卡特兹Alcatraz
游戏主角，USMC服役，所在小队在将古德教授和“先知”从纽约营救出来的任务中几乎全军覆没。在被“先知”救出后，感染严重的“先知”将自己的Nanosuit2.0交给了他，由他接替“先知”的任务。而他成为Nanosuit2.0主要拥有者，完成了常人无法完成的任务，做事干净利落，由于身体受到严重的创伤，他只能靠Nanosuit生存，后来雅各布帮他完善了Nanosuit，成为了对抗CEPH的活的生物武器。在最后中央公园的战斗中，进入了CEPH的病毒孢子扩散器内部，将病毒同化后，利用被修改了的病毒孢子消灭了城内的CEPH，成为了众所周知的英雄，不过他觉得这不是他一人的功劳，“先知”也有份，最终才说了“他们叫我···先知”这句话。